Université Paris-Est est l'établissement porteur de l'école doctorale Ville, Transports et Territoires. Les Écoles Nationales Supérieures d'Architecture de Paris-Belleville, Paris-Malaquais et de la ville et des territoires à Marne-la-Vallée sont associées UPE 

Université Paris-Est a choisi de faire émerger, en son sein, un pôle "Ville, environnement et leurs ingénieries", compte tenu du grand nombre d'institutions qui le constituent et qui ont investi sur ces sujets. L'école doctorale est un élément fort de ce pôle et elle tire parti de cette dynamique scientifique pour proposer aux doctorants des sujets de thèse innovants scientifiquement aussi bien qu'à l'interface avec le monde professionnel.

Cette école doctorale est originale dans son positionnement car elle est la seule qui affiche la thématique de la ville, des transports et des territoires comme son propos central.