Par arrêté du 7 août 2006 du ministère chargée de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche, le directeur de l'Ecole Doctorale est assisté d'un Conseil. Ce dernier émet des avis sur les questions concernant l'Ecole Doctorale : son organisation, son fonctionnement pédagogique et le dispositif du suivi des doctorants. Il veille au respect des principes de la Charte des thèses de l'établissement.
> Le conseil de l'école doctorale
Le conseil de l'école doctorale se réunit à plusieurs moments stratégiques dans l'année. Il examine toutes les candidatures d'inscription en 1ère année de thèse ce qui permet de faire converger entre les différentes institutions les critères d'admission en thèse. Cela le conduit à se réunir fin juin, puis à trois reprises à l'automne (fin septembre, fin octobre et fin novembre). Les demandes de réinscription au-delà de la 3ème année sont également examinées au cas par cas.
> Le règlement intérieur de l'école doctorale
En complément de l'arrêté du 7 août 2006 relatif à la formation doctorale et de la Charte des thèses d'Université Paris-Est, le règlement intérieur définit les règles en matière d'inscription en doctorat, de déroulement de la thèse, de co-tutelle de thèse, de la soutenance de thèse et de la délivrance du doctorat.
> La procédure de choix des doctorants
Toutes les candidatures en 1ère année de thèse sont examinées collectivement par le conseil de l'école doctorale. Les doctorants soumettent un dossier de candidature où sont précisés : leur cursus, leur projet de recherche, l'avis de leur directeur de thèse et du directeur de laboratoire concerné, le financement prévu pour la thèse, leur projet professionnel au-delà de la thèse. Ils viennent ensuite présenter leur projet par oral. Leur directeur de thèse est invité à assister aux débats.
> La politique en matière de durée des thèses
La gestion de la durée des thèses est basée sur un processus en plusieurs étapes.
D'abord le contrôle du projet dès le départ : construction du projet, financement prévu.
Ensuite, un suivi pendant les 3 premières années où on demande au directeur de thèse de prendre parti sur l'avancement du travail. La réinscription est, en effet, soumise à la production par le doctorant d'un dossier de réinscription en thèse où il précise les obligations pédagogiques auxquelles il a satisfait pendant l'année écoulée, l'avancement de son travail et l'avancement de son travail su par son directeur de thèse.
À partir de la 4ème année, les contrôles sont plus stricts.
Les réinscriptions en 4ème année sont conditionnées à la production d'une lettre qui explicite le travail effectué par le doctorant pendant les 3 premières années, l'échéancier de conclusion de la thèse, le tout validé par le directeur de thèse.
Les réinscriptions en 5ème année doivent rester exceptionnelles (sauf pour le cas des doctorants travaillant à temps partiel). En tout état de cause, elles sont conditionnées à la production du mémoire de thèse dans son état d'avancement et à l'affichage d'un horizon ferme de soutenance validé par le directeur de thèse.
> Application de la Charte des Thèses
L'école doctorale applique la Charte des thèses d'Université Paris-Est. Sa portée est étendue aux doctorants des Écoles Nationales Supérieures d'Architecture.
Le Conseil se réunit aussi, entre Janvier et Juin pour examiner les différentes décisions d'orientation : sujets prioritaires, demandes de financement à diverses institutions, choix d'organisation pour le suivi des doctorants....
De plus, une réunion annuelle est organisée suivant des formats divers qui est l'occasion de construire des orientations de recherche pour les thèses à venir. Les représentants du monde universitaire et du monde professionnel sont particulièrement conviés à cette réunion.
Comptes rendus et relevés de décisions
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