Le diplôme de docteur est délivré par Université Paris-Est. L'organisation et le suivi des soutenances de thèse sont assurés par Nathalie Lourenço, responsable administrative de l'école doctorale.
L'autorisation de présenter en soutenance de thèse est accordée par le président d'UPE, après avis du directeur de l'école doctorale, sur proposition du directeur de thèse.
Aussi tout étudiant souhaitant soutenir son mémoire de thèse à l'école doctorale doit être inscrit en thèse, au préalable, auprès d'Université Paris-Est et être à jour au regard des paiements des droits d'inscription.
Depuis le 1er Janvier 2010 la procédure administrative des soutenances de thèse d'UPE s'effectue via la base ADUM. Aussi, toutes les thèses soutenues à UPE doivent être enregistrées dans cette base.