Les conseils centraux de la Comue Université Paris-Est sont le Conseil d’administration (CA) et le Conseil académique (CAC).
Le Conseil académique d’UPE a un rôle consultatif sur les grandes orientations stratégiques de la Comue et propose notamment au Conseil d’administration un schéma pluriannuel en matière de politique du handicap : il compte 51 membres dont 36 élus. Afin de préparer ses avis, le Conseil académique peut s'organiser en commissions. Ses attributions sont définies à l'article 16 des statuts d'UPE.