Les conseils centraux de la Comue Université Paris-Est sont le Conseil d’administration (CA) et le Conseil académique (CAC).
Le Conseil d’administration d’Université Paris-Est détermine les orientations de la Comue, approuve son budget et en contrôle l’exécution : il est composé de 38 administrateurs dont 19 élus. Ses attributions sont définies à l'article 9 des statuts d'UPE.